Zunächst zu einer militärischen Laufbahn bestimmt, nahm Schindler 1859 am italienischen Feldzug teil. In Mailand lernte er den Landschaftsmaler Albert Zimmermann kennen, den er 1860 an die Wiener Akademie begleitete. Studienreisen führten ihn nach Salzburg und Berchtesgaden, 1873 nach Dalmatien. Der mit ihm befreundete Hans Makart trat ihm sein zweites, kleineres Atelier in Wien ab. 1875 war Schindler in Holland tätig. Unter seinen Privatschülern finden sich Talente wie Olga Wisinger-Florian, Tina Blau-Lang und Carl Moll. 1880 erkrankte er schwer. In den Sommermonaten 1882-1884 hielt er sich in Goisern im Salzkammergut auf. Danach übersiedelte er auf das Schlösschen Plankenberg im Wienerwald. Schindler gilt als Hauptmeister der intimen, malerischen Pleinair-Landschaft in Wien, angeregt durch die Schule von Barbizon.

Thieme-Becker 30 (1936), S. 74-75; H. Fuchs, Emil Jakob Schindler, Zeugnisse eines ungewöhnlichen Künstlerlebens, Werkkatalog, Wien 1970; M. Haja, Emil Jakob Schindler und sein Kreis. Zur österreichischen Landschaftsmalerei im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts, in: alte und moderne Kunst 24 (1979), Heft 163, S. 1-8