Werner kam mit 16 Jahren an die Berliner und 1862 an die Karlsruher Akademie, wo ihn Johann Wilhelm Schirmer und Louis Des Coudres unterrichteten. In seinen frühen Illustrationen zu Dichtungen Viktor v. Scheffels ist der Einfluss seines Lehrers Adolph Schrödter spürbar. Seine ersten Historienbilder waren von Karl Friedrich Lessing geprägt, während er später die Franzosen zum Vorbild nahm. Von der badischen Großherzogin an den preußischen Kronprinzen empfohlen, war Werner 1870/71 als Chronist des Deutsch-Französischen Krieges tätig. Sein Hauptwerk dieser Epoche ist die Darstellung der "Kaiserproklamation in Versailles" (Bismarck-Museum, Friedrichsruh). Anschließend übersiedelte Werner nach Berlin, wo er 1875 zum Akademiedirektor ernannt wurde. Er schuf eine Reihe von monumentalen Wandbildern, die die Tagesereignisse am Berliner Hof dokumentierten und für die er sorgsame Porträtstudien fertigte. Werner setzte straffe Reformen an der Akademie durch und war 1887-1895 Vorsitzender des Berliner Kunstvereins.

A. Rosenberg, A. v. Werner, (Künstler-Monographien IX), Bielefeld/Leipzig 1895; A. v. Werner, Erlebnisse und Eindrücke. 1870-1890, Berlin 1913; Thieme-Becker 35 (1942), S. 402-404; D. Bartmann, Anton von Werner. Zur Kunst und Kunstpolitik im Deutschen Kaiserreich, Berlin 1985